Jetzt ist das ein wenig klarer.
Mir war "CTRL & W" bisher lediglich als Standardkombi zum Schließen von Tabs in Browsern und anderen Tabs verwendenden Programmen und zum Schließen von Unterfenstern in MDI-Programmen bekannt. Wobei letzteres inzwischen keine Relevanz mehr besitzt. Das letzte Programm mit MDI das ich kenne war das alte Opera.
Das Problem mit dieser Tastaturkombi ist also unabhängig von deinem Scrollproblem und deiner Maus und dessen Software (inklusive Treiber). Das lässt sich auch mit der Software für die Maus kaum lösen. Du könntest lediglich eine weitere Taste mit Alt+F4 bzw. explizit mit der Funktion Fenster schließen belegen, sofern möglich. Die andere Taste schließt dann aber weiterhin entweder Tabs oder Fenster. Wenn die Software es hergibt, könntest du das aber auf bestimmte Programme beschränken.