最初の投稿で
URLが削除される例と文字化けする例は、ともに
ショートカット(*.url)をエクスプローラ上で右クリックしプロパティ表示した際の
「Webドキュメント」タブのURL欄の中身に関してです。
テキストエディタで開いた場合はShift_JISで開けばどちらも文字化けしており、
UTF-8で表示すれば最後まで正常に記述されています。
2回目の投稿では他ブラウザでつくったショートカットについて触れましたが
IEで作成したインターネットショートカット(*.url)の中身をテキストエディタで開いた場合
[InternetShortcut]
[InternetShortcut.A]
[InternetShortcut.W]
とURLの格納先セクションが3種あり、
それぞれの箇所でのURL表記は
".A"と'.'以降のないものに関して日本語部分ははShift_JIS(CP932)で表記され
".W"に関しては日本語部分はUTF-16 Big-Endianでの表記をさらにBase64でエンコードし
前後を'+'と'-'で挟むかたちになっていました。
Base64化した場合の'/'はそのまま表記されていました。
(このページのショートカットをつくると".W"のURL中のBase64化された部分に'/'が現れることによって確認)
検索でみつけた説明(http:ののtatsu★life★coocan★jpのDevroomのIEfavorites★html ←Spam判定回避のため全角化 '★'は'.'、'の'は'/'です)
をみると+は+-、-は-+に変換されると推測できますがこれについては未確認です。
問題に気づいた当初はURLは%エンコーディングであるべきなのではと思っていましたが、
IEでつくったショートカットを見るとMicrosoft的にはURL中の日本語表記の基本はShift_JISなのかもしれません。
ユーザの立場としてはUTF-8が%エンコーディングされるかたちで問題ないかと思います。
拡張子*.url(インターネットショートカット)および*.website(ピン留めサイトショートカット)は
エクスプローラでは拡張子を表示するようにしていても確認できず、
コマンドプロンプトのdirコマンドおよびテキストエディタ上で表示される実体ファイル名による確認です。